Më 17 qershor 1969, Kuvendi i Kosovës miratoi ligjin për Themelimin e Fakultetit të Mjekësisë në kuadër të Universitetit të Prishtinës (UP) (Gazeta Zyrtare nr. 20/69). Më 7 nëntor 1973 u krijua një bashkëpunim në mes të Spitalit të Prishtinës dhe Fakultetit të Mjekësisë (FM) dhe u regjistrua në Gjykatën Ekonomike të Qarkut të Prishtinës. Që nga ajo kohë, Fakulteti i Mjekësisë funksionon si njësi akademike dhe aktivitetet edukative zhvillohen në këto institucione: Qendra Klinike Universitare, Qendra Klinike Stomatologjike Universitare, Instituti Kombëtar i Shëndetit Publik, Institutet Paraklinike, Qendra Kombëtare e Transfuzionit të Gjakut, Instituti i Mjekësisë së Punës, Qendra për Zhvillimin e Mjekësisë Familjare dhe Agjencia Kosovare për Produkte Medicinale.

Përsa i përket studimeve pasuniversitare, gjatë viteve ’80 u themeluan Programet e Studimeve Master, në Mjekësi të Përgjithshme dhe Stomatologji. Grada akademike “Master i Shkencave” (Mr. Sc.) është marrë me mbrojtjen e temës së magjistraturës. Më pas, titulli akademik “Doktor i Shkencave” (Dr. Sc.) mund të fitohej me mbrojtjen e Tezës së Doktoraturës.

Studimet pasuniversitare sipas sistemit të Bolonjës, në Fakultetin e Mjekësisë filluan së pari me Programin Master në Menaxhim Shëndetësor, në vitin 2003. Më pas, Programi i studimit të doktoratës filloi në vitin 2007. Aktualisht, Fakulteti i Mjekësisë ofron doktoraturën në programet si në vijim: Mjekësi Paraklinike; Mjekësi Klinike; Stomatologji; Biomjekësi Eksperimentale; Shëndet Publik.

Programi i doktoratës - Mjekësi Klinike bazohet në qasje ndërdisiplinore. Si i tillë, programi fokusohet në kërkime specifike dhe u mundëson kandidatëve të ndërmarrin punë të pavarur, të thelluar kërkimore e shkencore, por për më tepër të marrin aftësi dhe kualifikime profesionale në lidhje me profesionet e tyre. Kjo përfshinë trajnimin e synuar të kandidatit të doktoratës në ndërmarrësi  si dhe transferim njohurish ndërmjet mjedisit universitar dhe profesional dhe anasjelltas – për të mirën e shoqërisë në tërësi – veçanërisht në lidhje me ndikimin ekonomik dhe social të punës së kandidatëve.

Objektivat e Programi të doktoratës në “Mjekësi Klinike” janë:

• Forcimi i kapaciteteve kërkimore, si dhe përmirësimi i aspekteve të ndërkombëtarizimit dhe lëvizshmërisë brenda ciklit të doktoratës;

• Adresimi i nevojës urgjente për të ndërtuar ekspertizë në fushën e mjekësisë klinike në Kosovë;

• Zhvillimi, akreditimi dhe vazhdimi i programit të doktoraturës në mjekësi klinike dhe zbatimi i punës ekipore ndërdisciplinore në Universitetin e Prishtnës në përputhje me kërkesat e       Bolonjës dhe trendet e fundit;

• Arritja e bazës së njohurive të përgjithshme mbi zhvillimin e programit të doktoratës dhe zbatimin e programit përmes masave për ngritjen e kapaciteteve dhe institucioneve.

Kurrikula është hartuar në përputhje me rregulloren e Universitetit të Prishtinës për studimet e doktoratës, si dhe me standardet ndërkombëtare. Ajo përbëhet nga lëndë të detyrueshme dhe zgjedhore të përshtatura për nevojat e fushës së interesit profesional të secilit kandidat. Pjesa më e madhe e ngarkesave semestrale kanë të bëjnë me përgatitjen e tezës së doktoraturës dhe përmbushjen e detyrimeve për finalizimin e programit të doktoraturës, si publikimi i pjesëve të punimit të tezës, prezantimet e abstrakteve, raportet e mentorëve, mbrojtja publike e tezës së doktoratës.