Themelimit të Fakultetit të Mjekësisë në kuadër të Universitetit të Prishtinës i ka paraprirë aprovimi i ligjit nga Kuvendi i KSA të Kosovës më 17 Qershor 1969 (gazeta zyrtare nr.20/69).
Si ditë zyrtare e fillimit të punës së FM shënohet data 4 Dhjetor 1969, ditën kur u mbajt ligjerata e parë në lokalet e Fakultetit Filozofik të Universitetit të Prishtinës. Me një vendim të datës 7 Nëntor 1973, Fakulteti i Mjekësisë u bashkua me Qendrën Spitalore të Prishtinës duke u shndërruar në Qendër Klinike Universitare dhe u regjistrua në Gjykatën ekonomike të Qarkut në Prishtinë dhe filloi së vepruari si njësi akademike. Fakulteti i Mjekësisë filloi punën fillimisht në drejtimin Mjekësi e Përgjithshme. Në vitin akademik 1975/76 u regjistrua gjenerata e parë e Degës Stomatologji. Pas përgaditjeve adekuate në vitin akademik 1996/97 u hap dega e Farmacisë, kurse në vitin akademik 2001/02 u hap dega e Fizioterapisë (studime  Bachelor). Në vitin akademik 2003/04 u hap dega e Mamisë dhe Infermierisë (studime Bachelor), kurse në bashkëpunim me Universitetin e Vjenës u hap dega në Manaxhment Shëndetësor (Master).
Studimet pasdiplomike, u themeluan gjatë viteve '80-ta, si Programet e Studimit pasdiplomik – Magjistratura, në Mjekësinë e Përgjithshme dhe Stomatologji. Niveli akademik "Magjistër i Shkencave Mjekësore" (Mr. Sc.) arrihet me mbrojtjen e punimit të magjistraturës.
Për më tepër, grada akademike e "Doktorit të Shkencave Mjekësore" (Dr. Sc.) arrihet me mbrojtjen e tezës së doktoratës.
Studimet pasdiplomike sipas sistemit të Bolonjës, në Fakultetin e Mjekësisë, filluan së pari me Programin Master, në programin Menaxhimi i Shëndetit, në vitin 2003. Më pas, Ph.D. programi i studimit, filloi në vitin 2007.
Fakulteti i Mjekësisë funksionon si njësi akademike, dhe aktivitetet edukative i kryen në Institucionet e mëposhtme:
-    Qendra Klinike Universitare e Kosovës,
-    Qendra Klinike Stomatologjike Universitare e Kosovës,
-    Instituti Kombëtar i Shëndetit Publik,
-    Institutet Paraklinike,
-    Qendra Kombëtare e Transfuzionit të Gjakut,
-    Instituti i Mjekësisë së Punës,
-    Qendra për Zhvillimin e Mjekësisë Familjare, dhe
-    Agjencia e Kosovës për Produkte dhe Pajisje Medicinale.