Programi i Farmacisë është pjesë përbërëse e Fakultetit të Mjekësisë që nga viti 1996. Që nga fillimi ky program ka qenë tërheqës për nxënësit më të mirë të shkollave të mesme të Kosovës e më gjerë dhe shumë të diplomuar nga ky program kanë arritur suksese të jashtëzakonshme profesionale dhe shkencore në nivel kombëtar dhe ndërkombëtar.

Programi i Farmacisë i plotëson kriteret e përcaktuara në Direktivën Europiane 2005/36/EC, neni 44, pika 2, për njohjen e kualifikimeve profesionale, ku është precizuar që kohëzgjatja e studimeve duhet të jetë 5 vjet, që përfshin së paku 4 vjet në edukim teorik dhe praktik në fakultet dhe 6 muaj trajnim praktik në barnatore apo spital.

Programi i Farmacisë ka për qëllim të ofrojë njohuri të zgjeruara për zhvillimin, prodhimin, sigurimin e cilësisë, përbërjen, përgatitjen dhe ruajtjen, efektet biologjike dhe ndërveprimet e barnave dhe përdorimin e sigurt të tyre. Farmacistët e diplomuar aftësohen për të realizuar aktivitete shkencore, përfshirë planifikimin dhe implementimin e tyre, në mënyrë të pavarur. Ata duhet të jenë në gjendje të integrojnë metodat shkencore dhe gjetjet e shkencave farmaceutike, si dhe në bashkëpunim me shkencat natyrore përkatëse t’i transferojnë ose t’i zbatojnë ato në fusha të tjera relevante. Në veçanti, ata gjithashtu do të zotërojnë njohuritë dhe shkathtësitë e nevojshme për të informuar, edukuar dhe këshilluar pacientët dhe mjekët në të gjitha aspektet relevante të Farmacisë.

Misioni i Seksionit të Farmacisë të Fakultetit të Mjekësisë, Universiteti i Prishtinës “Hasan Prishtina”  është të realizojë kërkime shkencore, veprimtari arsimore dhe profesionale, të nivelit universitar dhe pasuniversitar, në fushën e shkencave biomjekësore dhe shëndetësore, dhe kështu të kontribojë në përparimin e përgjithshëm të shoqërisë, respektivisht zhvillimin e ekonomisë, të bazuar në dije.  Duke siguruar përdorimin racional të burimeve njerëzore dhe materiale që ka në dispozicion, Dega e Farmacisë promovon zhvillimin e programeve multidisciplinare shkencore dhe arsimore, konkurrueshmërinë ndërkombëtare dhe aktivitetin mësimor, shkencor dhe profesional, rritjen e nivelit të inovacionit në shoqëri, transferimin e përshpejtuar të njohurive dhe inkurajon lidhjen ndërmjet arsimit, aktivitetit-kërkimor shkencor dhe ndërmarrësisë.

Qëllimet e Seksionit të Farmacisë të Fakultetit të Mjekësisë, Universiteti i Prishtinës “Hasan Prishtina” janë:

1. Përmirësimi dhe zhvillimi i mësimdhënies, kërkimit shkencor dhe aktivitetit profesional
2. Fuqizimi i kapaciteteve / burimeve njerëzore (si në numër ashtu edhe në cilësi)
3. Integrimi i fuqishëm në hapësirën kërkimore shkencore evropiane dhe botërore
4. Përmirësimi i aspekteve të ndërkombëtarizimit dhe lëvizshmërisë, përmes shkëmbimit të studentëve dhe stafit akademik me Institucionet e Arsimit të Lartë në BE dhe më gjerë
5. Promovimi i mobilitetit dhe shkëmbimit të njohurive dhe aftësive;
6. Arritja e kompetencave, aftësive dhe njohurive që farmacistët e diplomuar në Fakultetin e Mjekësisë, Universiteti i Prishtinës do të jenë më të kërkuarit në tregun vendor dhe ndërkombëtar.
7. Sigurimi dhe realizimi i praktikave të përparuara profesionale në fushën e farmacisë
8. Implementimi dhe sigurimi i cilësisë
9. Sigurimi i profesionistëve të kualifikuar për mësimdhënie në secilin modul në programin e farmacisë.
10. Sigurimi i një infrastrukturë moderne për arsim cilësor.
11. Sigurimi i literaturës bashkëkohore në shqip dhe anglisht.
12. Promovimi i shkencës dhe profesionit farmaceutik në shoqëri.